在三藩之乱平定后，清朝面对的最大威胁就是蒙古的准噶尔部

在三藩之乱平定后，清朝面对的最大威胁就是蒙古的准噶尔部，准确的说应该是准噶尔汗国，元朝灭亡后，蒙古分裂为瓦剌，鞑靼两部，瓦剌部还把明英宗生擒了，在清朝时期瓦剌演变为了漠西蒙古，其中就包括了准噶尔、和硕特、土尔扈特等部，这些蒙古部落在顺治皇帝统治时期，和清政府确定了从属关系。

但后来准噶尔部出现了一位枭雄——葛尔丹，他控制了准噶尔部，又将和硕特部打败，逐渐统一了整个漠西蒙古，形成了准格尔汗国，控制区域和清朝实际控制区域不相上下，随着葛尔丹实力增强，他不再服从满清领导，并开始往东方扩张准备继续吞并喀尔喀蒙古。

喀尔喀蒙古早已归顺了清朝，康熙皇帝在这个背景之下，才两次出兵亲征准噶尔，当时清朝的统治也不稳定，葛尔丹背后又有沙俄支持，所以葛尔丹并不畏惧清军，但是清朝内部的叛乱相继被平定后，清政府和沙俄也达成停火协议，康熙皇帝将主要精力用来对付葛尔丹，准噶尔部内部出现动荡，最后导致葛尔丹战败。

清朝取得了对准噶尔汗国作战第一阶段的胜利，这之后一直到了乾隆皇帝统治时期，清朝趁着准噶尔汗国内乱，出兵讨伐，灭了准噶尔汗国，将新疆，西藏正式并入中国版图。

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